Die Anschaffungskosten für eine Brennstoffzelle fallen höher aus als zum Beispiel für eine Gas-Brennwertheizung. Die reinen Investitionskosten betragen allein für die Brennstoffzelle derzeit (Stand: August 2021) 20.000 €, sie sind abhängig von der Größe der Anlage und dem Wärmebedarf für Gebäude und Warmwasser. Meistens ist aber zusätzlich ein kombinierter Gas-Brennwertkessel zur Heizungsunterstützung notwendig. Werden dann noch die Kosten für die Installation zugerechnet, muss für ein Brennstoffzellensystem mit einer Gesamtinvestition von bis 35.000 € geplant werden.
Darüber hinaus können weitere Kosten für bauliche Anpassungen hinzukommen. Die derzeit verfügbare staatliche Förderung ist dabei noch nicht berücksichtigt. Seit 1. Januar 2023 werden Brennstoffzellen in der Bundesförderung für effiziente Gebäude (BEG) als BEG-Einzelmaßnahme mit 30 Prozent Förderzuschuss, wenn sie mit mindestens 65 Prozent grünem Wasserstoff oder mit Biogas betrieben werden.
Einen Klimageschwindigkeits-Bonus von 20 Prozent können selbstnutzenden Eigentümerinnen und Eigentümern für den frühzeitigen Austausch besonders ineffizienter, alter aber noch funktionstüchtiger Heizungen (Öl-, Kohle-, Gasetagen- oder Nachtspeicherheizungen sowie mehr als zwanzig Jahre alte Biomasse- und Gasheizungen) erhalten – bis 31. Dezember 2028 beträgt dieser Bonus 20 Prozent, danach sinkt er alle zwei Jahre um 3 Prozent ab. Zudem besteht die Möglichkeit eines einkommensabhängigen Bonus von 30 Prozent für selbstnutzende Eigentümer:innen mit einem zu versteuernden Gesamteinkommen von bis zu 40.000 € pro Jahr. Demnach ist eine Gesamtförderung von bis zu 70 Prozent möglich (Boni sind kumulierbar).
So würde beispielsweise bei einer förderfähigen Investition i. H. v. 32.000 € eine Förderung inkl. aller Boni in Höhe von bis zu 22.400 € die Kosten deutlich auf unter 10.000 € senken. Darüber hinaus sollte bedacht werden, dass die Brennstoffzelle nicht nur heizt, sondern auch Strom produziert und somit Ihre Stromrechnung reduziert.