Die Klimabilanz von grauem Wasserstoff kann durch das sogenannte Carbon Capture and Storage (CCS) weiter verbessert werden. Das bei der Dampfreformierung entstehende CO2 gelangt dabei nicht in die Atmosphäre, sondern wird unterirdisch gespeichert. Aus geologischer Sicht bieten sich ausgeförderte Gas- und Erdöllagerstätten sowie salzwasserführende Gesteinsschichten an. Dort wird das CO2 in tief liegendes poröses Speichergestein verpresst. Langfristig vermischt sich dort mit dem Sandstein und versteinert (mineralisiert) allmählich. Undurchlässiges und oft kilometerdickes Deckgestein sorgt dafür, dass das Kohlendioxid aus den tiefliegenden Speicherstätten nicht mehr entweichen kann.
Es handelt sich dabei um eine lang erprobte Technologie: In der Sleipner-Anlage in der Nordsee wurden seit 1996 mehr als 16 Millionen Tonnen CO2 in 800 Metern Tiefe sicher unter dem Meeresgrund gespeichert. Seit 2008 wird auch im Nordsee-Gasfeld Snøhvit CO2 gespeichert. 2017 erreichten beide Anlagen zusammen die Rekordmarke von 20 Millionen Tonnen gespeichertem Kohlenstoffdioxid – ohne jegliche Zwischenfälle. In Deutschland wurde in dem Speicherprojekt Ketzin von 2004 – 2017 die erfolgreiche Speicherung von CO2 wissenschaftlich dokumentiert bewiesen.
Blauer Wasserstoff wird auch als dekarbonisierter Wasserstoff bezeichnet. Mit ihm lassen sich die wichtigen Industriesektoren wie die Chemie- oder die Stahlindustrie dekarbonisieren. Dafür werden allerdings große Mengen des gasförmigen Energieträgers benötigt. Um den H2-Hochlauf zu beschleunigen, müssen daher alle Herstellungsarten in Betracht gezogen werden. Nur so können kurzfristig ausreichend Mengen CO2-neutralen Wasserstoffs verlässlich bereitgestellt werden.